Temporada 1: El Reino de los Duelistas

El Reino De Los Duelistas - Episodios 1 al 49 (49 en total)
Es la primera temporada de este anime creado por TV Tokyo. El primer episodio "El Corazón de las Cartas" es una adaptación rápida del arco argumental de la Torre de la Muerte de Kaiba que apareció en el manga y fue adaptado de forma más extensa en el anime anterior producido por Toei Animation. Seto Kaiba, el campeón mundial de Duelo de Monstruos, acude a la tienda del abuelo de Yugi Muto en busca de cartas raras cuando encuentra al "Dragón Blanco de Ojos Azules". Ante el rechazo de su oferta de venta decide conseguir la carta por medios incorrectos, lo que provoca que Yugi acepte su reto y se dirija a su mansión para recuperar la carta de su abuelo. Al final logra vencer a Kaiba con la ayuda de "Exodia, el Prohibido" que contenía el Deck de su abuelo.

Aquí es también donde empieza el torneo de Maximillion Pegasus en el Reino de los Duelistas. Aquí Yugi Muto es invitado por Pegasus a participar en un torneo por el creador de los Duelos de Monstruos. Para que Yugi aceptara, Pegasus roba el alma de su abuelo con el Ojo del Milenio, pero si lograse ganar el torneo le devolvería el alma de su abuelo.

Temporada 2: Ciudad Batallas

Marick vs Yami
Ciudad Batallas - Episodios 50 al 97 (48 en total)
Seto Kaiba organiza un nuevo torneo después del Reino de los Duelistas buscando conseguir las cartas de Dios Egipcio que prometen vencer hasta al mismo "Exodia, el Prohibido". Aparecen nuevos enemigos (Marik Ishtar), quien desea el poder del faraón consiguiendo las tres cartas de Dios Egipcio; reaparecen enemigos anteriores como Yami Bakura, quien crea una alianza con Marik para ayudarlo en sus planes a cambio del resto de los Artículos Milenarios.

Temporada 3: Entrando al Reino de las Sombras

Entrando al Reino de las Sombras - Episodios 98 al 144 (47 en total)
Aquí se narran las finales de Ciudad Batallas y los duelos contra Noah Kaiba. En el último Duelo, Yami Yugi logra vencer a Yami Marik tras de un intenso enfrentamiento, Marik Ishtar recupera el control de su cuerpo y le cede el duelo a Yami Yugi quedándole tan solo 1 Life Point restante haciendo que su lado oscuro desaparezca. Así Yugi consigue la carta de "El Dragón Alado de Ra".

Temporada 4: El Despertar de los Dragones

El Despertar de los Dragones - Episodios 145 al 184 (40 en total)
Con el reciente descubrimiento de las ruinas perdidas de la Atlántida se descubre que el pasado del Duelo de Monstruos se remonta mucho antes de Egipto. Dartz es el nuevo enemigo, quien le roba las cartas de Dios Egipcio a Yugi Muto e intenta revivir a El Gran Leviatán. Deberán derrotarlo, pero no están solos, pues cuentan con la ayuda de las cartas de Dragón Legendario.

Temporada 5: Las Memorias del Faraón
Yami bakura duelo final

Gran Campeonato/Las Memorias del Faraón - Episodios 185 al 224 (40 en total)
Un nuevo torneo organizado por Kaiba, nuevos enemigos. Sigue la última batalla, un viejo enemigo ha vuelto: Yami Bakura quien ha regresado más poderoso que antes, reta a Yami a un Juego de las Sombras (Yami no Game) que tendrá lugar en las memorias del Faraón. Yami Bakura libera a Zorc Necrophades y la destrucción comienza.